A técnica endoscópica apresenta como principal vantagem a possibilidade de realizar o tratamento do cisto pilonidal com visualização direta, retirando todo seu conteúdo para aprimorar resultados.

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Benefícios:

 - Tratamento sob visão direta

 - Pequenas incisões

 - Retorno precoce as atividades habituais

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Desvantagem:

 - A cauterização é realizada com bisturi monopolar o que pode eventualmente deixar áreas sem tratamento no cisto.

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Taxa de recidiva em 1 ano: 3,9%

Taxa de recidiva em 5 anos: 24,3%

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A técnica endoscópica apresenta como principal vantagem a possibilidade de realizar o tratamento do cisto com visualização direta, retirando todo seu conteúdo para aprimorar resultados.

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Benefícios:

 - Tratamento sob visão direta

 - Pequenas incisões

 - Retorno precoce as atividades habituais

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Desvantagem:

 - A cauterização é realizada com bisturi monopolar o que pode eventualmente deixar áreas sem tratamento no cisto.

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Taxa de recidiva em 1 ano: 3,9%

Taxa de recidiva em 5 anos: 24,3%

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Uma técnica realizada uma escova é colocada no trajeto dos cisto para remover pelos, logo após uma sonda com laser de diodo em sua ponta é inserida até o cisto, e é iniciada a fototermoablação radial (360º), com comprimento de onda 1470nm liberando 10-15 watts por ciclo. A fibra é retirada continua e lentamente, cauterizando o cisto e ocluindo seu trajeto.

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Benefícios:

 - O laser atua em circunferência conferindo maior confiabilidade no tratamento radial

 - Bons resultados estéticos 

 - Retorno precoce as atividades habituais

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Desvantagens:

 - A não visualização direta do cisto e suas fístulas pode eventualmente deixar algum orifício sem tratamento.

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Taxa de recidiva em 1 ano: 2.9 - 9,7%

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Não existem estudos com acompanhamento superior a 2 anos.

Uso de colas biológicas como selante de fibrina ou matriz de trombina tem diversos usos da na doença pilonidal, como técnica minimamente invasiva é utilizada após curetagem do cisto afim de ocluir os orificios e causar migração de células que ajudam a curar o local.

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Na prática o uso de selantes não é muito utilizado pelo custo e carência de grandes estudos que mostrem resultados a longo prazo, bem como os que existem na atualidade apresentam taxas de recorrência da ordem de 33% em aplicação única.

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Apresenta como principal vantagem o fato de poder ser ralizada com anestesia local.

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Provavelmente a primeira técnica minimanete invasiva criada, consiste basicamente na curetagem e infusáo da substância que tem como objetivo corroer os restos do cisto.

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Essa técnica ambulatorial praticamente foi abandonada devido aos seus altos indices de recidiva a longo prazo (chega a 44% em 5 anos).